Las manchas solares parecen más oscuras que el resto de la superficie del Sol porque son más frías. El centro de una mancha solar (llamada umbra) tiene una temperatura de alrededor de 3700 Kelvin, mientras que la fotosfera circundante tiene una temperatura de 5800 Kelvin. Las manchas solares también son regiones de fuertes campos magnéticos (miles de veces más fuertes que el campo de la Tierra) y generalmente ocurren en pares (una en el polo norte y la otra en el polo sur).
No se comprende bien por qué ciertas regiones de la superficie del Sol son más frías que otras. Una teoría es que los fuertes campos magnéticos en estos puntos inhiben la convección debajo de la superficie. (La convección es la transferencia de calor de un lugar caliente a uno frío).
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