Messier 99 fue descubierto por Pierre Méchain el 17 de marzo de 1781. M99 fue una de las primeras galaxias en las que se vio un patrón en espiral. El patrón en espiral fue identificado por primera vez por Lord Rosse en la primavera de 1846.
La galaxia tiene un brazo de aspecto normal y un brazo extendido que está menos apretado. Un puente de gas hidrógeno neutro une NGC 4254 con VIRGOHI21, una región HI y una posible galaxia oscura. La gravedad de este último puede haber distorsionado M99 y estirado el puente de gas, ya que los dos objetos del tamaño de una galaxia pudieron haber tenido un encuentro cercano, antes de que se separaran (sin embargo, la existencia de VIRGOHI21 no está clara y otro candidato es el lenticular galaxia NGC 4262 (este evento tuvo lugar hace 280 millones de años). Se espera que el brazo extendido se relaje para coincidir con el brazo normal una vez que finalice el encuentro. Cuatro supernovas Se han observado en esta galaxia.
Si bien no está clasificada como una galaxia de explosión estelar, M99 tiene una actividad de formación de estrellas tres veces más grande que otras galaxias de tipo Hubble similar que pueden haber sido provocadas por ese encuentro.
